ละครเรื่องนี้เปิดฉากด้วยภาพความเจริญของกรุงโซลในยุคปัจจุบัน ก่อนจะย้อนเวลากลับไปหาอดีตในเดือนเมษายน ปี ค.ศ. 1694 (พ.ศ. 2237) หรือเมื่อ 319 ปีก่อน ซึ่งเป็นรัชสมัยของพระเจ้าซุกจง กษัตริย์องค์ที่ 19 แห่งราชวงศ์โชซอน
หลังเปิดฉากให้คนดูรู้ว่าเนื้อหาในละครเรื่องนี้จะมีการตัดสลับข้ามมิติ ระหว่างโลกในอดีตเมื่อ 319 ปีก่อนกับโลกปัจจุบัน ณ ปี ค.ศ. 2012 แล้ว ก็มีการเผยโฉมตัวละครหลักที่จะมาสร้างตำนานรักข้ามภพ ซึ่งก็คือ บัณฑิตหนุ่ม "คิม บุงโด" ที่อยู่ในเมืองฮันยาง (ชื่อเดิมของกรุงโซล) สมัยราชวงศ์โชซอน และนักแสดงสาวโนเนม "ชเว ฮีจิน" ที่อาศัยอยู่ในกรุงโซลในยุคปัจจุบัน
เรื่องราวทั้งหมดเริ่มต้นขึ้นเมื่อปี ค.ศ. 1694 (พ.ศ. 2237) ซึ่งเป็นปีที่พระเจ้าซุกจงทรงครองราชย์ครบ 20 ปี เหล่านักฆ่าได้รับคำสั่งให้ลอบปลงพระชนม์พระมเหสีอินฮยอน จึงบุกเข้ามาที่ตำหนักนอกวังของพระองค์ในช่วงกลางดึก...
ย้อนกลับไปเมื่อ 5 ปีก่อน พระเจ้าซุกจงได้สั่งปลดและขับพระมเหสีอินฮยอนออกจากวัง พร้อมทั้งเนรเทศและกำจัดขุนนางฝ่ายตะวันตกออกไปจากราชสำนัก ตามคำยุยงของขุนนางฝ่ายใต้ (ซึ่งหนุนหลังพระสนมฮีบิน) แล้วแต่งตั้งพระสนมฮีบินขึ้นเป็นพระมเหสีจาง อ๊กจอง ก่อนที่จะมีการแต่งตั้งพระโอรสของนางให้เป็นองค์ชายรัชทายาทในเวลาต่อมา นับแต่นั้นตระกูลจาง (ของพระมเหสีจาง อ๊กจอง) และขั้วอำนาจฝ่ายใต้ก็ตั้งตนเป็นใหญ่ในราชสำนัก ทั้งยังทำตัวเป็นผู้มีอิทธิพลล้นฟ้า
หลายปีผ่านไป พระเจ้าซุกจงทรงเริ่มรู้สึกผิดที่ปลดและขับพระมเหสีอินฮยอนออกจากวัง ประกอบกับขุนนางฝ่ายตะวันตกได้ยื่นถวายฎีกาเพื่อขอให้พระเจ้าซุกจงทรงเมตตาพระมเหสีอินฮยอน เสนาบดีฝ่ายขวา นามว่า มินนัม จึงวางแผนกำจัดพระมเหสีอินฮยอนที่อยู่นอกวัง เพื่อไม่ให้ตำแหน่งของพระมเหสีจาง อ๊กจอง และอำนาจฝ่ายตนถูกสั่นคลอน (ละครเรื่องนี้อ้างอิงช่วงเวลาและเหตุการณ์จริงทางประวัติศาสตร์ ซึ่งเหตุการณ์ดังกล่าวได้ถูกหยิบยกมากล่าวถึงในละคร
เรื่องทงอี ด้วยเช่นกัน... โดยภายหลังพระเจ้าซุกจงทรงคืนตำแหน่งให้พระมเหสีอินฮยอน และให้พระมเหสีจาง อ๊กจองกลับไปเป็นพระสนมฮีบินดังเดิม)
พระมเหสีอินฮยอนนั่งอ่านจดหมายบรรยายความในใจของพระเจ้าซุกจงด้วยความซาบซึ้ง โดยไม่รู้ว่าเหล่านักฆ่าบุกเข้ามาสังหารผู้คุ้มกันแล้ว ขณะที่พระมเหสีอินฮยอนกำลังจรดพู่กันตอบจดหมาย ก็มีเสียงดังโครมครามมาจากด้านนอก แม้จะรู้ว่าพระองค์กำลังถูกปองร้ายหมายเอาชีวิตและเริ่มรู้สึกหวาดกลัว แต่พระมเหสีอินฮยอนก็พยายามตั้งสติและรอรับชะตากรรมอย่างสงบ โดยพุ่งความสนใจไปที่การตอบจดหมายเพียงอย่างเดียว ครั้นพอนักฆ่าบุกเข้ามาในห้อง พระมเหสีอินฮยอนถึงกับน้ำตาร่วงแต่ยังคงนั่งตอบจดหมายต่อไป เมื่อนักฆ่าถือดาบพุ่งเข้ามาหา พระมเหสีอินฮยอนก็หลับตา แต่แล้วอยู่ๆ ร่างของนักฆ่ากลับล้มลงตรงหน้า เมื่อพระมเหสีอินฮยอนลืมตาก็พบว่า คิม บุงโด คือวีรบุรุษผู้กล้าที่บุกเข้ามาช่วยพระองค์เอาไว้ได้ทันเวลา
เสนาบดีฝ่ายขวาและพระมเหสีจาง อ๊กจอง ต่างก็ได้รับข่าวร้ายว่าแผนกำจัดอดีตพระมเหสีล้มเหลว ซ้ำร้ายคิม บุงโด ยังมีหลักฐานเป็นจดหมายที่เสนาบดีฝ่ายขวาเขียนบงการเหล่านักฆ่า ทำให้ทั้งคู่รู้สึกร้อนใจมาก
พระมเหสีอินฮยอนเห็นบุงโดบุกเข้ามาช่วยพระองค์กลางดึกจึงถามว่า เขารู้เรื่องนี้ได้อย่างไร บุงโด ตอบว่า ตนเฝ้าสังเกตเหตุการณ์ในวังมาได้ระยะหนึ่งแล้ว และรู้ด้วยว่าเรื่องราวที่เกิดขึ้นในคืนนี้เป็นฝีมือของใต้เท้ามินนัม พร้อมทั้งนำหลักฐานมาให้ดูเพื่อเป็นการยืนยัน เขากล่าวว่าตอนนี้ใต้เท้ามินนัมคงรู้แล้วว่าตนมีหลักฐาน และคงสั่งลูกสมุนไล่ล่าตนแน่ๆ ตนจึงคิดที่จะเข้าวังเพื่อกราบทูลความจริงให้พระเจ้าซุกจงทรงทราบ และทวงตำแหน่งพระมเหสีคืนให้พระองค์ แม้พระมเหสีอินฮยอนจะไม่เห็นด้วยและคิดว่าเป็นเรื่องมิบังควร แต่บุงโดยืนกรานว่านี่คือความประสงค์ของพระราชาและของประชาชนชาวโชซอน
คิม บุงโด แวะไปหานางโลมนามว่า "ยูนวอล" ที่หอนางโลม เพื่อฝากจดหมาย (หลักฐานสำคัญ) ให้นางช่วยเก็บรักษาไว้ โดยบอกว่าเป็นสิ่งที่จะทำให้ราชสำนักสั่นคลอน เขารู้ว่าตนเองกำลังถูกตามล่า เลยกลัวว่าจดหมายจะถูกชิงไปก่อนที่จะถึงมือพระราชา ดังนั้น เขาจึงมาหาเธอที่นี่ และจะส่งคนมารับคืนวันหลัง เมื่อรู้ว่าบุงโดกำลังตกอยู่ในอันตราย ยูนวอล (ซึ่งมีใจให้คิม บุงโด) จึงมอบยันต์ที่ได้มาจากวัดให้เขาพกติดตัวไว้ เพื่อจะได้แคล้วคลาดจากอันตราย
ระหว่างขี่ม้าเข้าไปในป่า บุงโดก็ถูกกลุ่มนักฆ่าตามไล่ล่า แต่เขาใช้ไหวพริบหนีเอาตัวรอดจนเดินทางมาถึงวังหลวงได้ในที่สุด (เขาถูกปลดอาวุธก่อนเข้าไปในวัง) เมื่อไปถึงหน้าตำหนักพระราชา บุงโดก็ขอเข้าเฝ้าโดยบอกว่ามีเรื่องด่วนจะถวายรายงานและขอให้เก็บเรื่องนี้ไว้เป็นความลับ ขันทีแย้งว่าดึกมากแล้ว บุงโดเลยเตือนว่า ตนกำลังทำภารกิจลับให้พระราชา และพระราชาก็กำลังรอฟังข่าวจากตนอยู่เช่นกัน ขันทีคนดังกล่าวจึงบอกให้บุงโดไปรอในห้องทรงพระอักษร โดยอ้างว่าจะได้ไม่มีใครรู้เห็น แม้จะแลดูไม่ชอบมาพากล แต่คิม บุงโดก็ยอมทำตามแต่โดยดี
และแล้วบุงโดก็ถูกนักฆ่าตามมาราวีถึงในห้องตำรา ทำให้เขารู้ว่ามีนักฆ่าแฝงตัวอยู่ในวังหลวงด้วย แม้จะไม่มีอาวุธแต่บุงโดก็ใช้ไหวพริบหลบหลีกและนำหนังสือมาเป็นเครื่องป้องกัน หลังจัดการนักฆ่าคนแรกได้แล้วบุงโดก็ต้องเผชิญหน้ากับหัวหน้ากลุ่มนักฆ่าที่ถือดาบตรงเข้าฟาดฟันหมายเอาชีวิต เขาหยิบม้วนกระดาษบนโต๊ะมาใช้แทนอาวุธ ก่อนคว้าดาบของนักฆ่าอีกคนที่หล่นอยู่บนพื้นขึ้นมาต่อสู้ แต่ก็พลาดท่าถูกดาบฟันเข้าที่แขนจนดาบร่วงหลุดมือ เและถูกถีบจนล้มลงไปกองกับพื้น
นักฆ่าเดินตรงเข้ามาหาบุงโด พลางเงื้อดาบจนสุดแขนและแทงเต็มเหนี่ยว แต่บุงโดก็คว้าตำราเล่มหนามาเป็นเกราะป้องกันตัวเอาไว้ได้ทัน ถึงกระนั้น นักฆ่าก็พยายามออกแรงกดจนปลายดาบเริ่มแทงทะลุหนังสือ
ตัดกลับมาที่กรุงโซล ปี ค.ศ. 2012 นักแสดงโนเนม ชเว ฮีจิน กำลังวิ่งพล่านด้วยความเร่งรีบ เพราะต้องไปออดิชั่นบทพระมเหสีอินฮยอน แต่เธอดันไปผิดตึกเลยทำให้เสียเวลา แถมยังข้อเท้าพลิกระหว่างวิ่งลงบันไดจนลื่นไถลตกลงมา ซ้ำร้ายสายรองเท้าส้นสูงยังมาขาด เธอเลยได้แต่นั่งทำใจเพราะคิดว่าถึงยังไงก็คงไปไม่ทัน
โชคดีที่เพื่อนของฮีจินโทรฯ มาหา เธอจึงรู้ว่าตนเองไม่ได้มาสาย แต่นาฬิกาข้อมือที่เธอใส่เป็นของเพื่อนซึ่งตั้งเวลาเร็วกว่าปกติหนึ่งชั่วโมง ฮีจินมองเวลาบนโทรศัพท์แล้วดีใจสุดขีด เธอจึงรีบลุกขึ้นแล้วขอยืมรองเท้าส้นสูงคนอื่นใส่ไปห้องออดิชั่น ปรากฏว่าฮีจินมีเวลาเหลือตั้ง 30 นาที เธอจึงเดินออกไปหาห้องเปลี่ยนเสื้อผ้าแต่ก็หาไม่เจอ เมื่อพบว่ามีมุมเหมาะๆ หลังผนังกระจก (ที่มีม่านปิดอยู่) เธอจึงไม่รอช้ารีบเปลี่ยนเสื้อผ้าทันที
ระหว่างเปลี่ยนเสื้อผ้า ฮีจินก็คุยโทรศัพท์กับเพื่อนไปด้วย หลังถอดเสื้อผ้าออกหมดจนเหลือแต่ชุดชั้นในก็มีใครคนหนึ่งดึงม่านขึ้น ฮีจินทำอะไรไม่ถูกนอกจากยืนอึ้ง เพราะชายที่ยืนตรงหน้าเธอคือซุปตาร์ "ฮัน ดงมิน" เขายืนจ้องเรือนร่างเธอ แล้วแกล้งดึงม่านที่เหลือขึ้นทั้งหมดเพื่อให้คนในออฟฟิศเห็น โชคดีที่ทุกคนกำลังยุ่งอยู่กับการทำงานเลยไม่มีใครหันมามอง
ฮีจินรีบสวมเสื้อผ้า ส่วนดงมินซึ่งอยู่ในห้องประชุมได้แต่ยืนขำกลิ้ง เขาดึงม่านลงก่อนที่คนในห้องจะหันมามองได้อย่างฉิวเฉียด หลังแต่งตัวเสร็จแล้วฮีจินก็มุ่งหน้าไปยังห้องออดิชั่น แต่ดงมินยังคงเดินตามมาแหย่ให้ฮีจินอารมณ์เสีย ก่อนหน้านี้ทั้งคู่เคยคบกันมาก่อน ครั้นพอดงมินเริ่มมีชื่อเสียงเขาก็ขอเลิกกับฮีจินเพราะไม่อยากให้เธอเป็นอุปสรรคขัดขวางความก้าวหน้า ทำให้ฮีจินแค้นใจตราบจนถึงทุกวันนี้
ฮีจินบอกตัวเองให้ลืมเรื่องที่เกิดขึ้นเมื่อสักครู่ แล้วทำสมาธิจดจ่ออยู่กับการออดิชั่น แต่แล้วก็มีเรื่องไม่คาดฝันเกิดขึ้น เมื่อผู้บริหารบริษัทเดินเข้ามาดูการออดิชั่นพร้อมกับดงมินในระหว่างที่ฮีจินกำลังแนะนำตัวบนเวที เมื่อรู้ว่าดงมินจะร่วมแสดงในละครเรื่องนี้โดยรับบทเป็นพระเจ้าซุกจง ฮีจินก็ถึงกับช็อค ขณะที่ดงมินยังคงนึกสนุกและพยายามแกล้งฮีจิน เขาแอบชูนิ้วกลางให้เธอและเสนอผู้กำกับว่า ในเมื่อละครเรื่องนี้ต้องการนำเสนอเรื่องราวของพระสนมฮีบินในมุมมองใหม่ๆ แล้วทำไมถึงไม่ลองปรับเปลี่ยนบท ของพระมเหสีอินฮยอน จากผู้หญิงใสซื่อ อ่อนแอ ยอมจำนนต่อโชคชะตา มาเป็นคนเข้มแข็ง สู้คนดูบ้าง
หลังเสร็จจากการออดิชั่น ฮีจินก็นั่งกินบะหมี่และดื่มเบียร์ในร้านแบบเซ็งๆ เธอเล่าให้ซูยองที่เป็นทั้งเพื่อนและผู้จัดการส่วนตัวฟังทางโทรศัพท์ ถึงความโชคร้ายที่ได้พบแฟนเก่าซึ่งทิ้งเธอเพื่อมาเป็นซุป'ตาร์ หลังเลิกกันแล้วเขาดันมาเจอเธออีกครั้งตอนที่เธอกำลังแก้ผ้าจนเหลือแต่ชุดชั้นใน และยังตามมาหลอกหลอนถึงในห้องออดิชั่น แถมยังรับบทพระเจ้าซุกจงในละครเรื่องที่เธอมาออดิชั่นอีกด้วย ฮีจินเชื่อว่าเธอคงไม่ได้รับเลือกให้มาเล่นบทพระมเหสีอินฮยอน เพราะขณะออดิชั่นดงมินเอาแต่นั่งหัวเราะจนทำให้เธอเสียสมาธิและลืมบท
ระหว่างนั่งแท็กซี่กลับบ้าน ดงมินก็โทรฯ มากวนประสาทฮีจินโดยบอกว่าถ้าอยากได้บทพระมเหสีอินฮยอน เธอต้องออกมาพบเขา ฮีจินตัดสายทิ้งแล้วเปิดกระจกรถเพื่อสูดอากาศทางด้านนอก โดยยื่นมือที่ถือโทรศัพท์ออกไปด้วย ไม่นานโทรศัพท์ก็ดังขึ้นอีกครั้งแต่คราวนี้เป็นของผู้กำกับ ขณะที่ฮีจินกำลังจะรับสาย ยางรถเกิดกระแทกกับเนินชะลอความเร็ว ทำให้โทรศัพท์ในมือฮีจินร่วงตกท่อระบายน้ำ ฮีจินรีบบอกให้คนขับหยุดรถแล้ววิ่งไปที่ท่อระบายน้ำ เธอก้มตัวลงข้างถนนแล้วเอาหูแนบตะแกรงฝาท่อ จากนั้นก็ตะโกนคุยกับผู้กำกับ แม้ฮีจินจะผ่านเรื่องร้ายๆ มาตลอดทั้งวัน แต่ในที่สุดเธอก็ถูกเลือกให้รับบทพระมเหสีอินฮยอน
ย้อนกลับไปในยุคโชซอน.... คิม บุงโด ยังคงอยู่ในระหว่างยื้อชีวิต ในขณะที่ปลายดาบของนักฆ่าเริ่มทะลุหนังสือลึกลงไปเรื่อยๆ บุงโดก็ดิ้นรนจนทำให้ขาตั้งเทียนร่วงลงจากโต๊ะ แทนที่จะเกิดเพลิงลุกไหม้เทียนกลับดับลง ทั้งห้องจึงตกอยู่ในความมืด ทหารยามได้ยินเสียงดังมาจากในห้องจึงสงสัยว่าอาจมีใครอยู่ข้างใน แต่กลับถูกขันที (ที่บอกให้บุงโดเข้าไปรอในห้อง) ไล่ตะเพิดให้ออกไปจากบริเวณดังกล่าว
นักฆ่ากดดาบสุดแรงหวังแทงทะลุหัวใจบุงโด (ซึ่งมียันต์ของยูนวอลกำบังอยู่) แต่แล้วอยู่ๆ บุงโดก็หายตัวไป ดาบของนักฆ่าจึงกระแทกลงบนพื้นอย่างจัง ขันทีเดินเข้ามาถามนักฆ่าว่า
"เกิดอะไรขึ้น? คิม บุงโด อยู่ไหน? ตายแล้วหรือยัง?" แต่นักฆ่าตกตะลึงจนพูดไม่ออก เขาเองก็รู้สึกมึนงงกับเหตุการณ์ตรงหน้าและไม่รู้ว่าเกิดอะไรขึ้นเช่นกัน
เมื่อบุงโดตื่นขึ้นก็พบว่าตนเองกำลังนอนอยู่ภายในห้องที่ว่างเปล่า เขานึกสงสัยว่าเกิดอะไรขึ้นและคนอื่นๆ หายไปไหนกันหมด ทันใดนั้นก็มีใครบางคนเปิดประตูและมีเสียงคนพูดคุยกันเหมือนกำลังตามหาอะไรสักอย่าง บุงโด (ซึ่งได้รับบาดเจ็บ) รีบวิ่งไปหลบอยู่ที่หลังเสา และรอจนกระทั่งปลอดคนแล้วจึงค่อยเดินออกมา
เมื่อเห็นสิ่งที่อยู่ตรงหน้า บุงโดก็ถึงกับช็อค เพราะตั้งแต่เกิดมาเขายังไม่เคยเห็นอะไรเช่นนี้มาก่อน สิ่งที่เขาเห็นก็คือ บรรยากาศการถ่ายทำภาพยนตร์ย้อนยุค ที่เต็มไปด้วยอุปกรณ์ต่างๆ ทั้งยังมีนักแสดงที่สวมชุดฮันบกในยุคโชซอน และมีทีมงานถ่ายทำที่สวมชุดสมัยใหม่ บุงโดรู้สึกสับสนเพราะไม่รู้ว่าสิ่งที่เห็นคืออะไรกันแน่ แม้สถานที่และชุดที่บางคนสวมใส่จะแลดูคุ้นๆ แต่ก็มีหลายอย่างที่ผิดแปลกแตกต่างไปจากเดิม
อยู่ๆ ก็มีสาวน้อยคนหนึ่งเข้ามาทักอย่างสุภาพว่าเขารับบทอะไร เธอคนนั้นก็คือ ฮีจิน นั่นเอง เมื่อเห็นว่าบุงโดได้แต่ยืนอึ้ง ฮีจิน ก็แนะนำตัวเองอย่างตื่นเต้นว่า เธอเป็นนักแสดงที่เล่นบทพระมเหสีอินฮยอน บุงโดยืนงงเมื่อฮีจินชูสองนิ้วแล้วพูดย้ำอีกครั้งว่า "เธอคือพระมเหสีอินฮยอน" หลังพร่ำบอกอย่างตื่นเต้นเรื่องที่ได้รับเลือกให้มาเล่นบทนี้อย่างกระทันหัน ฮีจินก็ยื่นโดนัทให้บุงโด แต่บุงโดยังคงยืนนิ่งด้วยความสับสนและจับต้นชนปลายไม่ถูก เขาถามฮีจินด้วยความอยากรู้ว่า
"นี่ข้าตายแล้วหรือกำลังฝันไป!"
เรื่องราวต่อจากนี้จะเป็นอย่างไร ติดตามชมได้ใน "อินยอน มหัศจรรย์รักข้ามภพ"